('集议制的推行，还影响到军队。
枢密院的文职军官，认为军队也应该举行集议，商议军中事务。
而且在武将和护军谁是主官方面，他们倾向于护军：
“军中召集会议，商议的多半是军政。”
“应当以护军为主官，拥有否决权力。”
这无疑将护军凌驾在武将之上，朱由检对此是不大满意的。
然而此时的朝堂上，除了五军都督之外，根本没人为武将说话。
而五军都督府又没什么实权，里面任职的勋贵，也认识到不到这件事的重要性，根本没有人站出来。
这让朱由检不得不亲自下场，说道：
“军中将领和护军，都能称得上主官。”
“但是两者职责要有侧重点，一个侧重军令，一个侧重军政。”
“军令方面的会议，就以将领为主官。”
“军政方面的会议，则以护军为主官。”
“两者不分先后，可以称为双主官。”
这种和稀泥的态度，无疑让枢密院官员不满。
枢密同知袁可立道：
“兵者国之大事，怎么能如此草率呢？”
“难道军中出了事情，还要先分辨是军令还是军政？争论应该由谁召集会议、确定谁是主官？”
军令和军政事务有时能轻易分清，有时根本分不开。
袁可立认为双主官这种办法太儿戏，根本不适合处理军中事务。
朱由检却见过后世的双首长制，感觉双主官能够磨合，确保无论是谁，都不能随便带着军队造反。
所以他对此很坚持，说道：
“双主官是这次军制改革的重点，以后所有军队都要实行双主官，确保不被一人控制。”
“至于军令和军政的分别，可以想办法解决。”
说着，他向袁可立等人道：
“作战、训练事务，毫无疑问属于军令，由将领主导处理。”
“军官选拔、考功稽勋、教育、后勤，毫无疑问属于军政，由护军主导处理。”
“今后枢密院和兵部下发的文件要明确，注明军令和军政分类。”
这解决了从上级而来的事务分类，至于日常事务，朱由检把它们分为平时和战时：
“平时除了明确属于军令的事务外，由护军主导处理。”
“战时则完全以将领为主官，一切以作战胜利为中心，包括军政事务处理。”
“护军如果不分轻重在战时争权夺利，因此影响到战事的，要受军法审判。”
这个划分，解决了大部分情况下的主官争议。
那就是平时除了明确属于军令的事务外，以护军作为主官。
战时所有军务都为作战服务，可以说都属于军令，完全以将领为主官。
群臣对此议论纷纷，有的人觉得这样划分很明确，有利于作战指挥。还能在平时约束将领的权力，让将领不至于坐大。
有的则认为皇帝给将领的战时权力过大，如果有野心的将领以进入战时状态为理由掌管全部军务，还是有可能发动叛乱的。
他们认为战时军政事务也要由护军主导处理，就像平时军令事务由将领主导一般。
对此，朱由检道：
“战时护军就是监军，有监督将领执行军令的权力。”
“如果主将推委不前，护军有权催促，甚至以违背军令解除主将职权，按指挥顺序由其他将领替代。”
“将领的权力在战时也是受到监督的，不能为所欲为。”
又语重心长地对群臣道：
“军队虽有作战责任，但是大部分时候，还是在和平状态，护军在大部分事务上都能作为主官。”
“如何区分平战，还有如何划分军令军政事务，都是诸位的责任。”
“在防止主官肆意妄为、发动叛乱方面，是需要众卿认真考虑的。”
这让群臣认识到，皇帝还是倾向于让护军掌权的。只是作战的事情到底不是儿戏，需要给前线将领放权。
想着护军在战时作为监军权力也不小，他们接受了这个说法。决定严格划分平时的军令事务，并且对进入战时状态严格限制。
朱由检听着他们的讨论，感觉这些文官出身的枢密院官员还没有把自己完全当成军官，更多的是站在文官立场上思考问题，而非一切为了作战。
这让担心作战受到影响的他，明确道：
“交战戒严区域，可以说随时都在准备作战，军中以将领为主官。”
“边疆遭到入侵时，将领可立即宣布进入战时状态，抵御敌人入侵。”
“内地则需要上级命令，或者和护军联合确认，或者召开集议会通过，方可宣布进入战时状态。”
“现在讨论一下，军中集议会成员，有哪些人？”
简单粗暴地定下了进入战时状态的方法，又用集议会成员的事情转移群臣注意力。
群臣对这点果然更加关心，提出各种意见。
有的认为应该以品级决定，有的认为应该以上级指派，各种意见不一。
最终，朱由检决定道：
“营级以上必须设集议会，由包括军事主官和参谋长在内的前三指挥顺序将领，还有护军、后勤主官组成。”
“如果所在地有锦衣卫镇抚使或监军御史，他们也可以加入集议会。”
“营级以下则是军事主官和护军主官，再加上参谋、后勤主官，以及作为士兵代表的士官长。”
“三人以上都应举行集议，按少数服从多数、个人服从集体、下级服从上级、诸司服从朝廷，商议决策事务。”
这是仿照民主集中制的四个服从原则，朱由检又具体道：
“集议会的成员一律平等，可以允许赞成，也可以允许反对，还可以弃权保留意见。”